病情分析：先天性直肠肛管畸形发生于胚胎期。
先天性直肠肛管畸形是胚胎期消化道发育异常所致，主要是在胚胎第6周时，消化道末端形成一个盲袋，即原始直肠。若在此过程中发生异常，如直肠与后肠交界处未完全分开或肛门未正常形成，就会导致各种类型的先天性直肠肛管畸形。这些畸形通常在胎儿期或出生时就能被诊断出来，因为它们影响了胎儿的排泄功能。
此外，如果存在巨球蛋白血症、结核病感染等疾病也可能会影响直肠的功能，导致排便困难。
因此，在孕期和新生儿阶段，定期进行超声波检查以及新生儿筛查是非常必要的，以早期发现和干预可能存在的问题。