病情分析：停经40天的女性，若确诊为宫内怀孕且孕囊大小适宜，可在医生指导下使用药物进行流产。
停经40天时，如果通过超声检查确认为宫内怀孕，且孕囊大小适合进行药物流产，那么可以在医生的指导下使用药物进行流产。但需要注意的是，药物流产有一定的风险，可能会导致不完全流产、出血过多等并发症。因此，在进行药物流产前，应充分了解相关信息，并在专业医疗机构进行操作和后续处理。
如果停经40天是由于内分泌失调或卵巢功能异常引起的暂时性月经紊乱，则不宜盲目进行药物流产，以免影响正常的月经周期和生育能力。
建议患者在决定是否进行药物流产后，务必咨询专业医生的意见，以确保安全有效。同时，流产后需注意休息，避免剧烈运动和感染，保持良好的卫生习惯。