病情分析：儿童免疫系统疾病是否会自愈因疾病类型而异。
部分免疫系统疾病，如免疫缺陷病、移植排斥反应等，是由于机体免疫功能异常导致的，无法通过机体调节自行恢复。但是一些感染性疾病，如麻疹、水痘等，在儿童体内发生后，机体可能会出现针对特定病原体的免疫应答，从而达到清除病原体的目的，此时可以自愈。
如果儿童患有自身免疫性疾病，例如类风湿性关节炎或系统性红斑狼疮，则不会自愈，需要长期治疗。
在关注儿童免疫系统疾病的同时，应注意营养均衡，避免接触已知过敏源，并按医嘱定期复查以监测病情变化。