病情分析：指甲不光滑有小坑可能是营养不良导致的微量元素缺乏，但并非单纯缺钙所致。
指甲凹陷通常与多种因素有关，包括营养不良、缺乏维生素A、B族维生素或铁等矿物质。虽然钙对于骨骼健康重要，但对指甲的影响相对较小。因此，指甲不光滑有小坑可能与营养不良导致的微量元素缺乏有关，而非单纯缺钙所致。如果伴随其他症状，如乏力、食欲减退等，建议进行血液检查以评估是否存在贫血或其他营养素不足的情况。
此外，某些疾病状态也可能影响指甲健康，如甲状腺功能亢进可能导致指甲变薄、易碎，而银屑病则可能导致指甲出现凹陷和剥离现象。
若发现指甲凹陷伴有其他不适，应咨询医生进行全面的身体检查，并根据需要进行相应的实验室检测，以确定具体原因并接受适当治疗。日常生活中，应注意均衡饮食，摄入足够的维生素和矿物质，避免过度清洁和频繁使用含有刺激性成分的指甲产品，以维护指甲的健康。