病情分析：真菌性巩膜炎不可以自愈。
真菌性巩膜炎是由真菌侵入巩膜组织引起的炎症，如果不进行抗真菌药物治疗，真菌会继续繁殖和扩散，可能导致角膜穿孔、眼内炎等并发症，严重者甚至会导致失明。因此，真菌性巩膜炎需要积极治疗，不能自愈。
由于个体差异，少数患者可能有免疫反应存在，这些患者的症状可能会轻微或不明显，此时巩膜炎也可能不会出现明显的临床表现。
对于真菌性巩膜炎，应遵循医嘱使用氟康唑滴眼液、那他霉素滴眼液等抗真菌药物进行治疗，并定期复查以监测病情变化。同时，注意眼部卫生，避免接触可能带有真菌的物品或环境，以减少感染风险。