病情分析：

粪便显微镜检查出现巨噬细胞的疾病可能是慢性肠炎、溃疡性结肠炎等。

1、慢性肠炎

慢性肠炎是指肠道的慢性炎症性疾病，其病因可为细菌、霉菌、病毒等微生物感染，亦可为过敏、变态反应等原因所致。患者常有程度不同的消化道症状，如腹痛、腹泻、便秘等。粪便显微镜检查可发现巨噬细胞。可遵医嘱使用阿托品、山莨菪碱等药物治疗。

2、溃疡性结肠炎

溃疡性结肠炎是一种病因不明的慢性炎症性肠病。患者常有反复发作的腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，粪便显微镜检查可发现巨噬细胞。可遵医嘱使用美沙拉嗪、奥沙拉嗪等药物治疗。

建议患者及时去医院就医，以免耽误病情。