病情分析：

怀孕39天打黄体酮不会导致孕囊停止发育。

黄体酮是一种天然孕激素，可以支持早期妊娠。孕囊是胚胎着床后形成的结构，用于保护和支撑胚胎生长。孕囊已经形成，黄体酮可以补充孕激素，维持妊娠，促进胎儿发育。如果怀孕39天出现阴道出血、腹痛等异常症状，可能是先兆流产或宫外孕等问题。此时需要及时就医，进行详细检查，以确定具体原因并采取相应措施，如必要时使用黄体酮或其他药物来保胎。

建议定期进行产检，监测胎儿发育情况。同时，保持良好的生活习惯，避免剧烈运动和情绪波动，保证充足的休息和营养摄入，有助于胎儿健康发育。