病情分析：怀孕40天药物流产通常能流干净。
怀孕40天时胚胎尚未形成，此时进行药物流产，通过药物作用使子宫收缩，促使胚胎组织排出，一般可以达到流干净的目的。但药物流产需在医生指导下进行，并需密切观察症状变化，如有异常应及时就医处理。
怀孕40天药物流产后，患者需要定期复查以确保宫内情况良好。
如果选择药物流产，应在专业医生指导下进行，并遵循医嘱做好术后护理工作，保持外阴清洁干燥，避免感染发生。