病情分析：患者在半夜起床排尿时感到轻微疼痛，通常是因为尿路感染引起的尿道炎所致。
尿路感染中常见的细菌如大肠埃希菌，在繁殖过程中产生的毒素以及死菌尸体可能导致尿道黏膜损伤及炎症，引起排尿时的不适感。
如果疼痛持续或加剧，可能表明存在更严重的泌尿系统疾病，如膀胱炎、肾盂肾炎等。这些疾病可能导致尿液滞留，增加细菌滋生的机会，进而引发疼痛。
在诊断确诊后，应遵循医生的建议完成整个疗程以防止耐药性的产生，并保持良好的个人卫生习惯，特别是夜间起夜后排尿后的清洁工作。