病情分析：耳朵里面流脓而且巩膜穿孔需要根据不同的情况制定不同的治疗方案。如果耳朵穿孔流脓是因为中耳炎的原因引起鼓膜穿孔导致，需要对耳道进行清洁，再给予抗感染治疗。当耳朵穿孔流出脓性分泌物时，则需要取分泌物做细菌培养，加药敏试验检查，同时给予双氧水将脓性分泌物清理干净。根据药敏选取敏感的抗生素进行抗炎治疗，局部也可以使用抗生素类的滴耳液控制炎症。当炎症消退后，鼓膜逐渐修复，就可改善流脓的现象。