病情分析：卵巢囊肿手术是否会影响生育能力取决于卵巢囊肿的性质。大多数卵巢囊肿对生育能力没有影响，包括常见的生理性卵巢囊肿、浆液性囊腺瘤和黏液性囊腺瘤。手术中摘除囊肿不会影响生育能力，但是如果女性患有卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是巧克力囊肿，由于囊肿内的液体对于卵巢是有侵袭作用的，所以会影响生育。