病情分析：

射精的时候输精管疼痛可能是由于输精管炎、精索炎、睾丸炎等原因导致。

1、输精管炎

如果患者存在输精管炎，在炎症的刺激下，会导致输精管黏膜出现不同程度受损，在射精时，精液会通过输精管排出体外，而在排精时，可能会出现输精管疼痛的现象。患者可以在医生的指导下服用头孢呋辛酯片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗，同时还可以适当进行热敷，促进血液循环，有助于缓解疼痛症状。

2、精索炎

精索炎是指精索发生的炎症性疾病，常见的症状有疼痛、肿胀、射精疼痛等。患者可以在医生的指导下服用阿奇霉素片、盐酸左氧氟沙星片等药物进行治疗，能够起到抗感染的作用，有助于缓解症状。

3、睾丸炎

睾丸炎是指由于细菌或病毒侵袭，而引起的睾丸炎症性疾病，患者会出现睾丸疼痛、肿大、射精疼痛等症状。患者可以遵医嘱服用布洛芬缓释胶囊、塞来昔布胶囊等药物进行治疗，能够起到抗炎镇痛的作用，有助于缓解症状。

除上述外，还可能与输精管结核、精囊炎、前列腺炎等疾病有关，建议患者及时就医，对因治疗。