病情分析：

三个月的宝宝吃不胖可能是因为喂养方式、消化系统疾病、遗传因素等原因导致的。

1、喂养方式

如果喂养方式为母乳，宝宝吸吮速度较慢，或者是宝宝不喜欢吃奶嘴，不喜欢吃奶，从而导致宝宝体重增长不明显，但这时宝宝的身高、体重都在正常范围内，家长无需过于担心。建议采用母乳喂养的方式，同时要定期给宝宝进行体检，如果发现宝宝有营养不良的情况，要及时进行补充。

2、消化系统疾病

如果宝宝的胃肠道出现了一些问题，导致无法正常消化食物，从而导致宝宝无法摄入足够的营养，出现体重不增的情况。建议家长及时带宝宝到医院进行检查，在医生的指导下对症治疗。

3、遗传因素

如果宝宝的父母双方或一方存在肥胖的情况，那么宝宝受到遗传因素的影响，也可能会出现吃不胖的现象。建议家长要控制好宝宝的进食量，避免摄入过多导致肥胖。

除此之外，还可能是肠道菌群失调症、胃肠功能紊乱、甲状腺功能减退症等原因导致的。建议家长要定期带宝宝到医院进行检查，在医生的指导下对症治疗。