病情分析：做了肾结石经皮肾镜手术两个月后肾里面还痛可能是术后感染、术后尿路梗阻、术后血尿、术后输尿管狭窄、术后肾功能不全等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.术后感染
术后感染可能导致炎症反应和组织损伤，进而引起疼痛。当机体受到外源性致热原刺激时，免疫系统会产生内源性致热原，作用于体温调节中枢，使体温调定点上移，从而出现发热、头痛等症状。术后感染需要使用抗生素进行治疗，如头孢菌素类药物或青霉素类药物等。
2.术后尿路梗阻
术后尿路梗阻是指由于手术导致的尿液流通受阻，引起尿潴留和肾积水，进一步加重肾脏负担，引起肾绞痛。尿潴留是指膀胱内存有大量无处排泄的尿液，此时膀胱壁处于高度紧张状态，若长时间未排尿则会导致膀胱肌肉疲劳，无法正常收缩，从而形成恶性循环。术后尿路梗阻可通过服用α受体阻滞剂来缓解不适症状，比如坦索罗辛、多沙唑嗪等。
3.术后血尿
术后血尿是由于手术引起的微血管破裂出血所致，血液流入泌尿系统可引起腰腹部疼痛。血尿的发生可能与手术过程中对肾盂黏膜的创伤有关，也可能是因为术后局部凝血功能障碍导致的。术后血尿通常可以自行恢复，但如果持续存在，则需及时就医接受相应处理，如遵医嘱应用止血药，如氨甲苯酸片、维生素K1注射液等。
4.术后输尿管狭窄
术后输尿管狭窄会导致尿液流动受阻，增加肾脏的工作负荷，进而引起肾区疼痛。输尿管狭窄可能是由手术过程中对输尿管造成的机械压迫或瘢痕形成所引起的。对于术后输尿管狭窄的情况，可以通过输尿管扩张术来进行治疗，将一根特殊的导管插入受影响的输尿管中，然后缓慢注入液体以扩大狭窄部位。
5.术后肾功能不全
术后肾功能不全可能导致肾小球滤过率下降，废物和液体在体内积聚，引起水肿和高血压，进而加剧肾绞痛的症状。肾功能不全是由于手术引起的肾实质损伤导致的，也可能是由于术后并发症如感染或出血引起的。术后肾功能不全需要密切监测并采取适当的治疗措施，包括控制血压、限制蛋白质摄入以及必要时给予肾脏替代疗法，如腹膜透析或血液透析。
患者应保持充足的水分摄入，促进结石排出，同时定期复查，建议进行B超检查、尿常规检查以及肾功能检测，以便及时发现并处理任何潜在的问题。