病情分析：胎儿两性畸形可能会有Y染色体。
胎儿两性畸形中，如果存在45,X/46,XY嵌合型先天性卵巢发育不全的情况，此时由于染色体异常引起，但是并不代表不存在Y染色体。
胎儿两性畸形也可能与染色体核型异常无关，而可能是由基因突变导致的，这种情况下可能不会出现Y染色体。
在面对胎儿两性畸形时，应考虑多种可能性，并建议咨询遗传学专家以评估染色体分析结果。