病情分析：睡一觉醒来肾疼可能是肾炎、腰肌劳损、腰椎间盘突出、输尿管结石、肾梗死等疾病引起的，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行针对性治疗。
1.肾炎
肾炎是由各种原因导致的肾脏免疫损伤，炎症因子刺激周围组织，进而引起肾部疼痛。这种疼痛通常为持续性，可能伴有尿液颜色改变、水肿等症状。患者可在医生指导下使用环磷酰胺、他克莫司等免疫抑制剂进行治疗。
2.腰肌劳损
腰肌劳损是指腰部肌肉及其附着点的积累性损伤，睡眠时姿势不当可加重腰部负担，从而出现肾区疼痛的情况。此外还可能出现活动受限的症状。建议遵医嘱服用双氯芬酸钠缓释片、塞来昔布胶囊等药物缓解不适症状。
3.腰椎间盘突出
腰椎间盘突出症是由于外伤或长期不良生活习惯导致椎间盘纤维环破裂，髓核组织从破裂之处突出于后方或椎管内，压迫相邻脊神经根引起的一系列综合征，此时可能会因为局部血液循环受阻而出现肾区疼痛的现象。对于无神经根受压者，可通过卧床休息的方式促进病情恢复。
4.输尿管结石
输尿管结石由肾脏中的结晶体移动至输尿管形成，当结石移动时会导致输尿管痉挛和狭窄，增加肾脏压力，从而引起肾绞痛。典型表现为剧烈腰痛，有时伴随恶心呕吐。如果确诊为输尿管结石，可以考虑体外冲击波碎石术等方式进行处理。
5.肾梗死
肾梗死是因为肾动脉主干或分支发生急性血栓堵塞，使肾实质缺血坏死，若未及时解除梗死状态，则可能导致肾功能受损甚至丧失，从而引起肾区疼痛。对于肾梗死患者，需要紧急就医并采取溶栓治疗，如静脉注射阿替普酶等。
针对睡醒后肾区疼痛的情况，建议保持良好的作息习惯，避免过度劳累。同时注意定期复查，监测肾功能指标，以免延误病情。