病情分析：三个月宝宝大便有粘液可能是感染性肠炎、食物不耐受、肠道菌群失调、先天性乳糖酶缺乏、过敏性肠炎等病因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行针对性处理。
1.感染性肠炎
感染性肠炎是由病毒、细菌等病原体侵入肠道引起的炎症反应，导致肠道黏膜受损和消化吸收功能障碍，进而出现腹泻、腹痛等症状。抗病毒药物如利巴韦林颗粒可用于病毒感染，抗生素如头孢克肟颗粒可针对细菌感染。
2.食物不耐受
由于小婴儿的消化系统发育尚未成熟，无法完全分解某些食物中的蛋白质或碳水化合物，从而引起肠道内产生过多气体和液体，导致排便时带有粘液。调整饮食是主要治疗方法，例如对于牛奶蛋白过敏，可以使用深度水解奶粉或氨基酸配方奶粉进行替代。
3.肠道菌群失调
肠道菌群失调是指正常存在于肠道内的有益菌数量减少或其功能异常，导致有害菌过度生长，产生毒素刺激肠壁，使肠蠕动加快，从而引起腹泻和粘液排出。益生菌制剂如双歧杆菌三联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等有助于恢复肠道微生态平衡。
4.先天性乳糖酶缺乏
先天性乳糖酶缺乏指从出生就没有足够的乳糖酶来消化奶类中的乳糖，当摄入含有乳糖的食物时，未被消化的乳糖进入结肠后，在肠道细菌的作用下发酵产气，可能导致腹胀、腹泻以及带有粘液的大便。轻至中度乳糖不耐受可通过口服补充乳糖酶来缓解症状，严重者可能需要长期限制含乳制品的饮食。
5.过敏性肠炎
过敏性肠炎由食物过敏引起，机体对特定食物产生免疫反应，导致肠道通透性增加，使得原本不应进入体内的物质如食物蛋白进入血液循环，激发了炎症反应，从而出现腹泻、腹痛、恶心呕吐及带粘液的大便。回避已知过敏原是最有效的治疗方法，比如对牛奶蛋白过敏则应更换为氨基酸配方或深度水解蛋白配方奶粉。
建议密切观察患儿的症状变化，定期复查以监测病情进展。必要时，医生可能会推荐进行血常规、粪便常规和培养、轮状病毒核酸检测等相关检查，以进一步评估病情并指导治疗。