病情分析：三个月的宝宝哭闹不止可能是由维生素D缺乏、缺钙、肠痉挛、饥饿、腹胀等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.维生素D缺乏
由于日光照射不足、生长速度快等原因导致体内维生素D合成减少，影响肠道对钙磷的吸收和利用，进而引起血钙降低。低钙会导致神经肌肉兴奋性增高，表现为夜间睡眠不安稳、易惊醒、多汗等。补充维生素D是关键，通常需要医生评估后给予口服维生素D滴剂或注射维生素D制剂。
2.缺钙
缺钙会影响骨骼发育和神经系统功能，导致婴儿易激惹、烦躁不安等症状。补钙可以通过食物摄入如牛奶、酸奶等乳制品，或是遵医嘱使用碳酸钙、葡萄糖酸钙等药物进行补充。
3.肠痉挛
肠痉挛可能是由胃肠道气体积聚引起的，当气体量超过一定限度时会引起肠壁平滑肌强烈收缩，此时可出现阵发性腹部不适或疼痛的症状。可通过局部热敷缓解肠痉挛，若无效则需及时就医，在医师指导下使用颠茄片、硫酸阿托品片等药物进行治疗。
4.饥饿
饥饿会导致血糖水平下降，大脑中的神经递质5-羟色胺分泌减少，从而引起情绪不稳定。对于饥饿引起的不适，可以尝试增加喂奶次数或者每次喂奶量以满足其营养需求。
5.腹胀
腹胀可能由吞入过多空气、乳糖不耐受等因素引起，这些因素可能导致肠道菌群失调，产生气体并刺激肠道，引起不适感。轻柔地按摩宝宝的肚子有助于促进肠道蠕动和气体排出；必要时也可在医师指导下使用枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌胶囊等益生菌制剂来改善消化功能。
针对三个月宝宝的哭闹，建议密切观察是否有其他伴随症状，如呕吐、腹泻、发热等。如有必要，应进行微量元素检测以及生长发育评估，以排除其他潜在的健康问题。