病情分析：原发性胆汁性胆管炎和自身免疫性肝炎的区别在于抗线粒体抗体阳性、血清总胆红素升高、血清碱性磷酸酶升高、肝活检特征以及治疗方案。
1.抗线粒体抗体阳性
原发性胆汁性胆管炎患者中，抗线粒体抗体通常为阴性；而自身免疫性肝炎患者的抗线粒体抗体则为阳性。
2.血清总胆红素升高
原发性胆汁性胆管炎患者的血清总胆红素水平可能轻度至中度升高；而自身免疫性肝炎患者的血清总胆红素水平一般正常或轻度升高。
3.血清碱性磷酸酶升高
原发性胆汁性胆管炎患者的血清碱性磷酸酶水平显著高于自身免疫性肝炎患者。
4.肝活检特征
原发性胆汁性胆管炎的肝活检显示小叶内胆管消失、汇管区纤维化和淋巴细胞浸润；自身免疫性肝炎的肝活检则表现为界面性肝炎、桥接坏死和浆细胞浸润。
5.治疗方案
原发性胆汁性胆管炎主要通过熊去氧胆酸进行治疗；自身免疫性肝炎则需使用皮质类固醇如联合免疫抑制剂如环磷酰胺进行治疗。
在诊断这两种疾病时，应避免混淆并确保正确区分两者，以制定适当的治疗计划。建议定期监测血液指标变化，同时注意饮食调整及遵医嘱用药。