病情分析：新生儿衣原体结膜炎的治疗可以采取红霉素眼膏、阿奇霉素、多西环素、妥布霉素、氧氟沙星眼药水等治疗措施。如果症状持续或加剧，建议患者及时就医。
1.红霉素眼膏
红霉素眼膏是一种抗生素类药物，通过涂抹于眼部来发挥作用。使用前需清洁患处，挤出适量眼膏轻涂于结膜囊内。此药能有效抑制革兰阳性菌及阴性菌的生长繁殖，从而减轻由衣原体感染引起的结膜炎症反应。注意不可过量使用以免导致耐药性产生。
2.阿奇霉素
阿奇霉素通常口服给药，分量依医嘱而定，通常为每日一次连续服用数日。阿奇霉素可作用于细菌蛋白质合成过程，干扰其生长，进而起到抗菌效果。对于敏感菌株如衣原体有较好的抗菌活性。
3.多西环素
多西环素通过口服方式给予，剂量依据医嘱调整，通常每日一次。此药物能够稳定溶酶体膜，防止细胞自溶，同时具有较强的抗菌作用，对多种病原体包括衣原体均有良好的抗菌效果。
4.妥布霉素
妥布霉素主要通过静脉注射的方式给药，具体用法和剂量应遵照医生指导。妥布霉素属于氨基糖苷类抗生素，具有广谱抗菌作用，可用于治疗多种细菌感染，包括衣原体感染。
5.氧氟沙星眼药水
氧氟沙星眼药水滴入结膜囊内，每日2-3次，按医嘱执行。本品所含成分能阻断细菌DNA回旋酶的活性，抑制细菌DNA的复制、转录及修复，从而杀灭细菌。对衣原体也有一定的抑制作用。
新生儿衣原体结膜炎期间，家长要严格遵守医嘱，监测宝宝病情变化，及时发现并处理并发症。除上述常规治疗外，新生儿还应在医师指导下接受适当的营养支持，促进机体恢复健康状态。