病情分析：新生儿衣原体结膜炎的治疗可以考虑红霉素眼膏、阿奇霉素、多西环素、妥布霉素眼药水、氯霉素眼药水等药物治疗。如果症状持续或加剧，建议患者及时就医。
1.红霉素眼膏
红霉素眼膏是一种外用抗生素药物，通过涂抹于眼部来发挥作用。此药物能有效抑制革兰阳性菌及阴性菌感染，对衣原体有较好的抗菌作用，可缓解由衣原体引起的结膜炎。
2.阿奇霉素
阿奇霉素通常口服给药，需按医嘱规定剂量服用。本品为半合成大环内酯类抗生素，具有广谱抗菌活性，可用于治疗衣原体感染。
3.多西环素
多西环素可通过口服方式给予患者治疗，每日一次，疗程依医嘱而定。此药物属于四环素类抗生素，能够有效地抑制细菌蛋白质合成，从而起到抑菌效果。
4.妥布霉素眼药水
妥布霉素眼药水滴入结膜囊内，每4-6小时一次，用量遵医嘱。妥布霉素对多种革兰氏阴性菌有高度抗菌活性，适用于衣原体结膜炎的治疗。
5.氯霉素眼药水
氯霉素眼药水点眼使用，每日3-4次，用量依据医嘱调整。该药物对于多种革兰氏阳性及阴性菌均有抗菌作用，且对衣原体也有一定的抑制作用，因此可作为新生儿衣原体结膜炎的一种治疗选择。
在治疗新生儿衣原体结膜炎时，应密切监测病情变化，特别是婴儿可能出现的症状如呼吸困难、黄疸等。同时，在治疗期间，家长应注意保持患儿眼部卫生，避免接触可能引起交叉感染的因素，如未经消毒的玩具或公用物品。