病情分析：新生儿直肠尿道瘘的手术费用在5000元至20000元之间，费用差异取决于瘘口大小和病情复杂程度。
新生儿直肠尿道瘘是指直肠与尿道之间的异常通道，需要通过手术进行修复。如果只是单纯的直肠尿道瘘，没有其他并发症，那么手术难度相对较小，费用也相对较低。如果患者存在复杂的直肠尿道瘘合并感染或其他并发症，则会导致手术难度增大，从而导致手术费用增高。
在考虑进行该手术时，应综合评估患儿的整体健康状况及可能的风险，并确保选择合适的医疗机构以获得合理的收费。