咽痛长期不愈可能由多种病因引起，包括慢性咽喉炎、胃食管反流或会厌囊肿等常见病症。
当咽喉部位长期存在炎症反应时，慢性咽喉炎会导致黏膜分泌物增加，引发持续的异物感和疼痛症状，临床常用复方硼砂溶液等局部药物治疗。胃食管反流疾病则因胃酸反流刺激咽喉黏膜，产生烧灼样疼痛，需通过抑酸剂和促胃肠动力药进行系统治疗。而会厌囊肿作为黏液腺管阻塞形成的潴留性囊肿，当其体积增大时会压迫周围组织，引起明显的咽喉肿痛，这种情况往往需要借助喉镜手术或激光手术进行干预性治疗。
除上述主要病因外，还需考虑以下两种常见情况：
1. 反流性咽炎：胃酸刺激引发的慢性咽喉炎症
2. 急性咽炎：未彻底治愈的急性炎症迁延所致
