脑内腔隙灶的治疗需针对具体病因选择药物，并非存在某种"最佳药物"，常见诱因包括高血压、脑动脉粥样硬化及高血脂症等。
长期高血压会损伤血管壁导致玻璃样变，可能引发血管闭塞和脑供血不足，形成腔隙灶并伴随头痛、心悸等症状，此时需通过美托洛尔等降压药控制血压；动脉粥样硬化患者因血管内脂质沉积造成狭窄，可能诱发腔隙灶并出现昏厥，尼莫地平等药物可改善脑部循环；而高血脂症患者血液粘稠度增高会减缓脑部血流，除腔隙灶外可能出现黄色瘤，需通过苯扎贝特或他汀类药物调节血脂水平。
除上述常见病因外，还需警惕以下两种情况：
1. 糖尿病引发的微血管病变也可能导致脑内腔隙灶
2. 脑梗死后的缺血性损伤同样可能形成腔隙病灶
