怀孕期间发现卵巢囊肿的情况较为常见，卵巢囊肿通常不是药物流产的禁忌症，虽然药流可能轻微刺激囊肿生长，但影响有限。具体能否进行药物流产需根据怀孕周期来判断：孕49天内可考虑药流，而孕90天左右则需选择人工流产。
卵巢囊肿的存在可能对胎儿发育产生一定影响。在怀孕早期（49天内），由于胚胎体积较小，采用米非司酮片联合米索前列醇片的药物流产方案相对安全，对母体损伤较小。但必须强调的是，所有药物都应在专业医师指导下规范使用，不可自行用药，以避免药物不良反应风险。药物流产的成功率与孕周密切相关，孕周越小成功率越高。
当怀孕周期较长时，选择终止妊娠方式需特别注意以下两点：
1. 孕90天左右发现囊肿时，因胎儿已发育出胎心胎芽且体积较大，药物流产可能无法完全排出胚胎组织，此时人工流产是更安全的选择。
2. 无论选择何种流产方式，都需通过超声检查评估囊肿性质及大小，确保手术安全。
