孕期咳嗽引发腹部两侧疼痛通常与腹部肌肉牵拉有关，可能由剧烈咳嗽、呼吸道感染等因素导致，需根据具体病因采取相应治疗措施。
当孕妇出现剧烈咳嗽时，持续的腹部肌肉收缩可能导致两侧腹肌痉挛性疼痛，这种情况可通过增加水分摄入来缓解症状，必要时可在医生指导下使用复方鲜竹沥液等止咳药物。若疼痛由支气管炎引起，多与细菌感染导致的支气管痉挛有关，此时需使用阿莫西林等抗生素进行抗感染治疗。更为严重的肺炎则可能由肺炎链球菌等病原体引发，除咳嗽症状外还可能伴随胸痛表现，这种情况下阿莫西林克拉维酸钾等广谱抗生素是常见的治疗选择。
除上述常见原因外，还需警惕以下两种可能性：
1. 胸膜炎等胸膜疾病也可能表现为咳嗽伴胸腹部疼痛
2. 肺结核等特殊感染需要专业医疗评估排除
