肾小管萎缩通常难以自行恢复，仅少数由暂时性肾脏供血不足引起的情况，在及时补充体液或纠正血容量后可得到改善。
肾小管萎缩的预后与病因密切相关。由急性因素如失血、脱水或梗阻性肾病引发的病例，通过及时输血、补液或解除梗阻等措施，萎缩的肾小管往往能够逐渐恢复。然而，当病因涉及慢性肾小球肾炎、肾血管结构异常等慢性病变时，自愈可能性显著降低，这类患者需通过专业医疗干预来控制病情进展。研究表明，早期明确诊断并实施针对性治疗是改善预后的关键因素。
对于肾小管萎缩患者的临床管理，需重点关注以下两方面：
1. 急性病因患者应及时纠正血容量或解除梗阻，促进肾小管功能恢复
2. 慢性病因患者需接受规范药物治疗，通过延缓肾小球硬化来改善肾小管萎缩
