黄连素经口服后通过消化系统吸收进入血液循环，最终由泌尿系统完成排泄过程。
该药物在口腔和食道短暂停留后进入胃部，随后主要在小肠被吸收并进入肝门静脉系统。经过肝脏的首过代谢后，黄连素进入体循环，随血液流经肾脏时开始排泄过程。在肾小球处，血液中的有形成分被滤过屏障截留，而小分子物质则通过半透膜进入肾小囊形成原尿。当原尿流经肾小管时，约99%的水分和有用物质被重吸收回血液，剩余部分经集合管进一步浓缩后形成终尿排出体外。
关于黄连素的临床应用需特别注意以下两方面：
1. 该药物具有广谱抗菌作用，尤其对痢疾杆菌效果显著，适用于细菌性胃肠炎等消化道感染，但过敏体质及溶血性贫血患者禁用。
2. 服药期间应避免同时饮茶，因茶叶中的鞣酸会与药物生物碱结合产生沉淀，影响药效发挥。
