脑损伤后遗症主要包括颅骨缺损、外伤性癫痫和脑外伤后综合征等不同类型，其治疗需根据具体症状在医生指导下采取手术、药物或心理干预等综合措施。
对于颅骨缺损患者，当缺损直径超过3厘米时建议进行颅骨修补术，该手术既能保护脑组织又能改善外观，修补材料可选择自体或异体材料。外伤性癫痫的治疗首选抗癫痫药物如卡马西平、丙戊酸钠等，若药物控制良好可在两年后逐步减量，但对于药物难治性癫痫或存在明确致痫灶的患者可考虑手术治疗。脑外伤后综合征则需要采取综合性治疗措施，包括心理疏导以保持良好心态，配合中西药物对症治疗，特别是对于合并创伤后应激障碍的患者，常需联合使用帕罗西汀、舍曲林等抗抑郁药物和心理治疗。
脑损伤后遗症还可能引发认知功能障碍，其治疗需重点关注以下两方面：
1. 非药物干预如认知行为训练和计算机辅助训练是目前主要手段
2. 临床常用金刚烷胺、哌甲酯等药物辅助治疗，但尚无特效药物
