肛瘘术后若未及时修剪增生肉芽组织，可能继发肛周脓肿、肛裂及肛乳头瘤等并发症。
术后创面长期存在炎性肉芽组织会持续刺激局部组织。一方面，炎性分泌物积聚可能形成肛周脓肿，表现为红肿热痛等典型感染症状，需通过抗生素（如阿莫西林）或局部抗菌药膏（如莫匹罗星）控制感染；另一方面，过度增生的肉芽在排便时易被撕裂形成肛裂，引发便血和剧烈疼痛，此时需使用硝酸甘油软膏缓解括约肌痉挛，严重者需手术松解。此外，慢性炎症刺激还可能导致肛乳头异常增生形成瘤样病变，早期可通过诺氟沙星等抗感染药物控制，体积较大时则需手术切除。
预防术后并发症需重点关注以下两方面：
1. 术后定期复查，发现肉芽增生及时处理
2. 出现肛周肿痛、便血等症状应立即就医
