肛周脓肿根治术后形成肛瘘的主要原因是脓肿与肛管直肠相通，术后脓腔收缩会在该部位形成肉芽组织构成的异常通道。
肛周脓肿本质上是直肠肛管周围软组织或间隙的化脓性感染，临床称为直肠肛管周围脓肿。手术治疗作为首选方案，通过切开引流清除脓液以达到治愈目的。但由于多数脓肿存在与肛管直肠相连的内口，在切开引流（形成外口）后，脓腔收缩会促使内口、瘘管和外口形成完整的病理性通道，即肛瘘。这一病理过程解释了为何单纯切开引流容易继发肛瘘。
为预防术后并发症需重点关注以下两方面：
1. 术中常采用挂线术联合治疗，通过充分敞开脓腔阻断瘘管形成路径。
2. 术后需保持规律排便，维持大便性状正常，避免便秘或腹泻诱发不适。
