舌头边缘溃疡的治疗药物种类多样，需在医生指导下合理使用，主要包括止痛、抗菌消炎、促进愈合、补充维生素及调节免疫功能的药物。
对于舌头边缘溃疡的药物治疗，复方甘菊利多卡因凝胶等止痛药物可缓解局部疼痛；0.05%氯己定含漱液等抗菌消炎药物需注意短期使用，避免长期使用导致口腔黏膜着色等副作用；西瓜霜、重组人表皮生长因子凝胶等促进愈合药物能加速溃疡修复；维生素C和B族对营养缺乏型溃疡效果显著；左旋咪唑等免疫调节剂适用于反复发作的严重溃疡患者，但过敏体质者禁用。
治疗时还需特别注意以下两个关键环节：
1. 由物理刺激（如断牙、矫正器）引起的溃疡，需先消除刺激源
2. 所有药物使用必须严格遵循医嘱，不可自行调整用药方案
