腋下出现三个疼痛的疙瘩可能由毛囊炎、皮脂腺囊肿或淋巴结肿大等多种原因导致，需根据具体病因采取针对性治疗措施。
毛囊炎通常由细菌感染引发，表现为局部红色丘疹伴疼痛，与个人卫生习惯不良密切相关。临床常用莫匹罗星软膏等外用抗生素进行治疗。皮脂腺囊肿则是由于皮脂腺导管阻塞形成的潴留性囊肿，好发于头面部，典型特征为突出皮肤表面的球形肿块，治疗需在医生指导下使用头孢类抗生素。淋巴结肿大作为免疫系统反应，可能由细菌或病毒感染引起，需通过病原学检测区分，细菌性感染推荐使用头孢氨苄等抗生素，病毒性感染则需选用抗病毒药物如利巴韦林。
除上述常见病因外，还需警惕以下两种可能性：
1. 乳腺增生症或乳腺囊肿等乳腺疾病可能表现为腋下肿块
2. 脂肪瘤等良性肿瘤有时也会在腋下区域形成疼痛性包块
