黄连性苦寒，具有清热明目、止泻止痛等功效，但需配伍温性药材以平衡寒热属性，避免长期单独使用损伤脾胃。
在中医临床实践中，黄连常与温性药材配伍形成经典方剂。生姜或干姜与黄连的组合见于多个名方，如生姜泻心汤、干姜黄连黄芩人参汤等，这种"辛开苦降"的配伍原理能有效调和寒热错杂之证。生姜偏于散水止呕，干姜长于温中止泻，二者与黄连配合可针对不同症状灵活选用。吴茱萸与黄连配伍的左金丸则是调理肝胆脾胃的经典组合，特别适用于肝郁化热、胃气上逆引起的各类消化道症状。这种配伍既发挥黄连清热降火的功效，又通过吴茱萸的温中和胃作用减轻黄连的寒凉之性，临床常与温胆汤等方剂联合使用。
黄连与木香的配伍体现了中医寒温相济的用药智慧。这种组合需要注意以下两个要点：
1. 木香性温能中和黄连寒性，其辛香行气之效可防止黄连寒凉滞胃。
2. 二者配合既能清热燥湿，又可理气止痛，特别适合治疗湿热痢疾等症。
