接种三针新型冠状病毒疫苗后仍发生感染，可能与病毒变异、个体免疫差异及疫苗防护特性等因素有关。
从免疫学机制来看，疫苗防护效果受多重因素影响。新型冠状病毒的快速变异可能导致部分毒株逃逸疫苗诱导的抗体识别，尤其当流行株与疫苗靶向株存在显著抗原差异时。此外，接种者个体免疫应答水平存在差异，老年或免疫功能低下人群产生的免疫记忆可能较弱。值得注意的是，现有疫苗主要设计目标是预防重症而非完全阻断感染，其通过刺激机体产生中和抗体和细胞免疫，在降低病毒载量和缩短排毒周期方面更具临床价值。
导致突破性感染的主要原因可归纳为以下两点：
1. 病毒持续变异导致疫苗诱导抗体中和效力下降
2. 个体免疫系统应答不足或存在基础免疫缺陷
