鼻咽拭子采集方法存在差异，操作过程中需特别注意避免清洁鼻咽部。
鼻拭子采集时要求被检测者头部后仰，拭子需以垂直于面部的方向（而非沿鼻孔方向）从总鼻道进入。操作时应将拭子尽量贴近鼻腔下壁，当触及鼻咽部产生明显阻力感时轻柔旋转一周后垂直取出。若遇到阻力或受检者感到疼痛，应立即停止推进并稍后退拭子，通过调整矢状面角度再次尝试。咽拭子采集则需受检者持续发"啊"音，必要时借助压舌板，快速轻柔地擦拭咽侧壁及咽后壁数次。由于口咽拭子操作简便且张口即可完成，故成为临床常用采样方式。需特别强调的是，采样前2小时应禁食以防呕吐，检测时需减少吞咽动作并避免清嗓行为，同时应提前告知采样人员相关病史如鼻腔手术史、血液病或抗凝药物使用情况等。
进行鼻咽拭子采样时需特别注意以下两个感染防控要点：
1. 采样过程会刺激上呼吸道黏膜，可能引发打喷嚏、咳嗽等反射动作，产生携带病原体的飞沫或气溶胶。
2. 鼻腔和口咽作为呼吸消化道的开放门户，采样时的直接接触会显著增加交叉感染风险。
