器官不好一般指器官存在异常情况。凌晨四点醒的原因较为复杂，可能与胃肠道、肺部、肾脏、心脏等器官存在异常有关。若长期频繁凌晨四点醒且自我调节无效，建议患者及时前往医院就诊，可通过心电图、胸部CT、胃镜等检查明确具体原因。
1、胃肠道：胃溃疡、十二指肠溃疡患者，胃酸分泌存在昼夜节律，在凌晨时段胃酸分泌达到高峰，胃酸直接刺激溃疡创面，引发上腹部烧灼样疼痛，疼痛程度往往较重，导致患者从睡梦中疼醒。
2、肺部：如慢性阻塞性肺疾病患者，本身肺部通气与血流比例失调，夜间睡眠时痰液积聚，凌晨时段呼吸道受刺激，咳嗽咳痰加重，呼吸不畅，进而频繁醒来。
3、肾脏：比如前列腺增生，增生的前列腺组织压迫尿道，使得尿道变窄、阻力增加，夜间尿液生成后排出不畅，膀胱残余尿量增多，频繁产生尿意。患者需要多次起夜排尿，睡眠连续性被严重破坏，凌晨四点左右很可能再次因憋尿感醒来。
4、心脏：如冠状动脉粥样硬化性心脏病，冠状动脉内壁粥样硬化斑块形成，致使血管管腔狭窄，心肌供血在凌晨人体安静、血流相对缓慢时进一步受阻，引发心肌缺血，心绞痛发作，常伴有压榨性胸闷、胸痛，患者会因疼痛从睡梦中惊醒。
建议患者营造安静、舒适、温度适宜的睡眠环境，保持卧室黑暗与安静，选择合适的床垫与枕头，有利于身体放松。睡前避免剧烈运动、饮用咖啡或浓茶等刺激性饮品，防止神经兴奋，可适当喝杯温牛奶，帮助入睡。
