鳞状细胞低度病变的严重程度不能一概而论。多数情况下，若病变仅局限于上皮层，且患者免疫力正常，能够依靠自身免疫系统清除病毒，病情通常不严重。然而，当病变持续进展，或患者免疫力低下，无法有效控制病情，病变可能发展为高度病变甚至癌症，此时情况就较为严重。
鳞状细胞低度病变大多由人乳头瘤病毒（HPV）感染引发。在许多病例中，人体免疫系统可识别并清除HPV病毒，进而使病变自然消退。例如，年轻且免疫力良好的女性，身体对病毒的抵抗力较强。当发现鳞状细胞低度病变时，若病变范围小，仅累及宫颈上皮的下1/3层，未出现明显的细胞异形性，通过定期复查，如每半年进行一次宫颈细胞学检查和HPV检测，多数患者在1-2年内病变可自行消失。这是因为人体免疫系统具有强大的防御和修复能力，能够有效应对病毒感染，阻止病变进一步发展。
对于免疫力低下的人群，如长期使用免疫抑制剂、患有艾滋病等疾病的患者，其免疫系统无法正常发挥作用，难以清除HPV病毒，导致鳞状细胞低度病变持续进展。病变可能从上皮的下1/3层逐渐向上蔓延，累及更多上皮层次，细胞异形性也会愈发明显。若不及时干预，病变可能发展为高度鳞状上皮内病变，甚至转化为宫颈癌，严重威胁患者生命健康。一旦发展到癌症阶段，治疗难度大幅增加，不仅需要手术切除病变组织，还可能需要配合放疗、化疗等综合治疗手段，且预后效果可能不佳。
确诊鳞状细胞低度病变后，患者需保持良好心态，避免过度焦虑。若病变范围局限，可定期复查监测病变进展。若病变有进展趋势，可在医生指导下选择合适治疗方法，如激光、冷冻等物理治疗，去除病变组织。
