肛门直肠神经官能症主要是通过药物进行治疗，同时也要注意调整患者的情绪。 肛门直肠神经官能症往往是由于患者的情绪过于紧张，或者是处于焦虑的状态，产生了肛管直肠位置的疼痛、坠胀感等不适。 肛门的局部可以使用稀释的高锰酸钾溶液进行坐浴，也可以使用复方荆芥熏洗剂进行坐浴，缓解局部的不适症状。另外还可以配合药膏、药栓肛管直肠内给药，必要时可以口服抗焦虑的药物。在进行规范系统的药物治疗的同时，也要注意多休息，保持情绪的舒畅与稳定，避免出现压力过大的情况，循序渐进的加强体育锻炼，增强自身的体质。