先天性睾丸发育不全的治疗，首先确定导致的病因，需要做染色体核型分析，基因检测，内分泌化验，彩超检查睾丸、附睾等生殖系统，确定导致先天性睾丸发育不全的病因，根据具体的病因选择合适的治疗方法。如果是因为染色体核型或者基因异常引起的，通过口服或者肌肉注射雄性激素，维持第二性征。如果是因为隐睾原因引起的，需要通过手术治疗。如果是内分泌原因导致的，需要按照内分泌异常的情况，选择合适的治疗方法来改善。