儿童肠道应激综合症最主要的症状为反复、慢性腹痛或排便异常，一般表现为间断性发作。通常患者会表现为下腹部疼痛，但疼痛的位置也有可能会出现一定的变化，夜间发作的比较少，通常发作的时间以及症状持续的时间长短是没有规律可循的，一般在排便或者通气后能够得到一定的缓解。有些患者还会出现腹泻的症状，大多数是早晨起床后或者在就餐后出现腹泻，但是不会出现血便。在腹泻的同时还有可能会出现便秘，这两种症状有可能会交替出现。