真菌性肠炎可以在医生指导下使用药物进行治疗。真菌性肠炎通常和长期使用抗生素有关，建议患者及时去医院进行检查，查明全身使用抗生素药物的临床价值和实用性。如果没有必要长期使用抗生素，应尽早停用一般的抗生素。也可以给予口服肠道益生菌来调理肠道菌群，可以起到改善真菌性肠炎的作用。要注意真菌性肠炎容易复发，所以治疗一定要彻底，可以在医生指导下口服抗真菌的药物进行治疗，比如常用的氟康唑，在治疗期间还要调整好自己的饮食习惯，饮食以清淡为主，避免食用刺激性食物。