新生儿真菌感染治疗的时间取决于感染的部位和感染的严重程度。如果是口腔粘膜的念珠菌感染，也就是通常所说的鹅口疮，使用制霉菌素涂抹，一般治疗一周就能痊愈。如果是皮肤感染，比如真菌性唇炎，可以外用咪康唑、益康唑、酮康唑乳膏涂抹，通常疗程一周。如果是深部真菌感染，需要静脉输注抗真菌药物治疗，常用的有氟康唑、两性霉素b等。如果是真菌性败血症，需要治疗两周。如果是中枢神经系统真菌感染，需要治疗四周。如果是真菌性关节炎，需要治疗四到六周。