经颅磁刺激治疗的干预脑区具有高度选择性，起效迅速，1周内可以起效。如果坚持规律应用，该治疗的疗效至少与药物治疗相当，该治疗最重要特征是副反应轻微，小于药物治疗的副反应。最常见的副反应是一过性头痛，不会出现恶心或者性功能障碍等不良反应。由于这种治疗既可以单独应用，也可以与抗抑郁药合并治疗，增强或者加快抗抑郁药物的治疗效果，对于药物治疗无效的患者，经颅磁治疗能起到一定的疗效。