真菌尿路感染可以通过消除易感因素、药物治疗、碱化尿液等方式进行治疗。1、消除易感因素，这是预防和治疗真菌性尿路感染的最有效的方法，如避免长期使用抗菌药物、免疫抑制剂，解除尿路梗阻、控制糖尿病，以及使机体抵抗力下降的疾病，尽量减少导尿以及长期保留导尿管等情况，免疫功能良好的患者去除易感因素后，部分病例可以自愈。2、药物治疗，常用的抗真菌药物有两性霉素B、5-氟胞嘧啶、咪唑衍生物等药物，用药途径包括局部以及全身应用。3、碱化尿液，真菌在酸性尿液中繁殖迅速，宜适当给予碳酸氢钠口服，碱化尿液，抑制真菌生长。