肛门梅毒的主要治疗方法为口服以及外用抗生素药物治疗。肛门梅毒与会阴梅毒的治疗是一样的，首选药物是青霉素。梅毒的重点治疗在于及时就医，时间越短，青霉素的治疗效果越好，恢复越好。通常情况下，在梅毒发作三周以内及时采取青霉素治疗，通常2~3周即可彻底治愈。针对于晚期梅毒患者，需要在医生指导下增加药量或延长治疗时间。部分患者对青霉素过敏，可以使用四环素、红霉素类、头孢曲松等药物治疗，梅毒具有强烈的传染性。在治疗期间，建议患者要进行一定程度的隔离，避免出现交叉感染。