会厌囊肿可以药物治疗，也可以通过手术治疗。1、药物治疗。对于细菌感染者，可采取全身应用抗生素、糖皮质激素类药物。对于病毒感染所引起的急性喉炎患者，在一般治疗的基础上还可应用抗病毒药物进行治疗。2、手术治疗。手术治疗适合于先天性疾病所导致的会厌囊肿，手术的方法包括激光及高频电刀等。会厌囊肿大多数的患者预后良好，一般不影响自然的寿命。患者在治疗后需每三个月复查一次，可进行喉镜检查以及影像学检查，了解恢复的情况。