女生小便时小腹痛，主要原因可能是患者出现泌尿系统炎症感染或结石增生，也有可能是患者平时肠胃功能下降，伴有急性肠胃炎等症状时，也会有相应症状。患者小便时有小腹疼痛，若同时伴有尿急、尿频等症状，可能是细菌或真菌感染引起的尿道炎症，特别是膀胱炎症，可能会出现相应症状。建议患者去正规医院做尿常规检查，明确诊断。在医生的指导下，口服敏感的抗生素治疗，如莫西沙星。平时注意控制饮水量，调整饮食方式，多进行户外运动，提高身体素质。