咽炎清丸的副作用是可能会引起过敏，出现肠胃不适的症状，也可能会影响肝肾功能。1、有些人在服用咽炎清丸以后会出现皮疹，皮肤发红，瘙痒的情况，考虑可能是咽炎清丸引发的过敏反应。2、患者有可能在服用咽炎清丸以后出现胃肠道方面的症状，比如烧心、恶心等症状表现，尤其是本身胃肠功能不好的患者，有可能在服用以后产生局部刺激症状。3、咽炎清丸有可能会影响肝肾功能，也有可能会影响肾脏功能，导致尿素氮水平的升高。