治疗肥厚梗阻型心肌病可以使用β受体阻滞剂或者非二氢吡啶类的钙拮抗剂。可以改善心室的舒张功能，降低左心室流出道的梗阻，从而使患者胸闷、气短的症状得到缓解。如果肥厚梗阻型心肌病，左心室流出道梗阻非常严重，可以选择外科局部室间隔切除手术治疗或者行酒精室间隔消融手术治疗，可以减轻左心室流出道的梗阻，从而缓解症状。如果肥厚梗阻性心肌病合并有心力衰竭或者心律失常，可以使用利尿剂和抗心律失常的药物来进行对症治疗。